Les fondations de l’entreprise ont été posées surtout par deux hommes: Charles Gervais et Isaac Carasso.

En 1850, le français Charles Gervais commença la production de fromage frais en Normandie. De manière indépendante, le fondateur de Danone, Isaac Carasso, commença,
en 1919 à Barcelone, le développement d’une recette de yaourt destiné à aider les enfants souffrant de diarrhées. Ce yaourt a été vendu exclusivement dans les pharmacies pendant les premières années. Isaac Carasso a nommé sa gamme de yaourts d’après son fils Daniel, surnommé «Danon».
En 1920, l’entreprise Charles Gervais fonda sa première filiale allemande à Cologne, destinée à l’importation de fromage frais.
En 1967, les entreprises Gervais et DANONE fusionnèrent pour former une société internationale.
En 2006, Danone AG fût créée en Suisse. Néanmoins, des produits Danone étaient déjà vendus en Suisse par des sociétés ayant pris une licence.
En 2007, le groupe Danone a acquis l’entreprise hollandaise Royal Numico, un fabricant leader d’aliments pour bébés et d’aliments médicaux.
Grâce à cet élargissement de ses activités commerciales à ces nouveaux secteurs, le groupe Danone a renforcé sa position dans le domaine de la santé et a souligné sa philosophie: «aider les êtres humains sur toute la planète à grandir, à mieux vivre et à s’épanouir de manière optimale en mangeant tous les jours des aliments meilleurs, plus sains et plus variés».